A gestão técnica, administrativa e financeira do Programa Operacional Regional é exercida por um Gestor, Presidente da Comissão de Coordenação e Desenvolvimento Regional de Lisboa e Vale do Tejo, que constitui a Autoridade de Gestão.
O Gestor do PORLVT é apoiado, no exercício das suas funções, pelos Gestores dos Eixos Prioritários. No caso do Eixo Prioritário 3, as competências do Gestor são desempenhadas directamente pelo Gestor do Programa Operacional.
O Gestor de cada Eixo Prioritário é assistido, no exercício das suas funções por uma Unidade de Gestão, em cuja composição está assegurada a representatividade das autarquias locais envolvidas. O acompanhamento do Programa Operacional é assegurado por uma Comissão de Acompanhamento.